Mittlerweile hält sich Dimitri wirklich für Yugi Muto und kämpft ein hartes Duell gegen Jaden. Jaden kann ihn trotzdem bezwingen und Yugis' Karten können wieder in den Ausstellungsraum zurück gebracht werden.

Chazz führt die Schüler der Nord-Akademie als Duellvertreter an. Chazz's große Brüder haben ihm ein übermächtiges Kartendeck zugesteckt, mit der Jaden's Untergang besiegelt zu sein scheint.

Jaden und sechs weitere Mitglieder der Duellakademie werden von Kanzler Sheppard beauftragt, die heiligen Bestien-Karten zu verteidigen. Wenn die Karten in die falschen Hände geraten würden, könnte das das Ende der Welt bedeuten. Jeder der sieben bekommt einen Schlüssel, den es im Duell zu verteidigen gilt. Schon in der ersten Nacht muss Jaden seinen Schlüssel gegen den gefährlichen Nightshroud verteidigen.

Um heraus zu finden, wer der beste Student des ersten Jahrganges ist, treten Jaden und Bastion in einem Duell gegeneinander an. Bastion schafft es, Jadens mächtige Zauberkarte "Fusion" für das restliche Duell außer Kraft zu setzen. Nun kann Jaden keine Monster, zu stärkeren fusionieren.

Endlich ist es soweit, der große Tag ist gekommen. Heute wird Yuya endlich seinen Ersten von vier Kontrahenten gegenüberstehen. Erst wenn er vier Duelle gewonnen hat, qualifiziert er sich für die Meisterschaft der Arc-Liga. Für diese Duelle hat Yuya viel Zeit und Mühe in sein Kartendeck gesteckt. Sein erster Gegner ist der berühmte Koch und Küchenkönig Reed Pepper.

Banner unternimmt mit den Freunden Jaden, Alexis, Syrus und Chumley einen Ausflug zu den alten Ruinen. Dort geraten sie in große Gefahr und Jaden verfällt in eine Art Traum. Als er wieder zu sich kommt, findet er sich und seine Freunde in einer anderen Zeit wieder. Der oberste Grabhüter droht damit alle lebendig zu begraben, es sei denn Jaden kann ihn in einem Duell besiegen.

Jaden muss sich dem Siebten Schatten-Reiter, Amnael, in einem alles entscheidenden Kampf stellen. Das Duell zwischen den beiden beeinflusst nicht nur Jaden's Schicksal, sondern auch das von seinen Freunden.

Während des Duells kann Kaiba Yugi von seinem eigentlichen Vorhaben, die drei weißen Drachen mit dem eiskalten Blick zu sammeln, ablenken. Yugi steht kurz vor einer Niederlage und zieht eine letzte Karte aus seinem Deck.

Das Duell zwischen dem obersten Grabwächter und Jaden geht weiter. Als Jaden in einer aussichtslosen Situation ist, rettet ihn die Feldzauberkarte Tal des Todes. Letztendlich gewinnt er das Duell und er bekommt von dem Grabwächter ein mystisches Medaillon überreicht. Jaden und seinen Freunden gelingt es, wieder in die eigene Welt zurückzukehren.

Der Kampf zwischen Jaden und Nightshroud geht in die zweite Runde und Jaden's Kontrahent sieht sich bereits als Sieger. Doch Jaden zieht die Feldzauberkarte "Wolkenkratzer" und kann seinen Gegner so bezwingen. Erschöpft brechen beide Duellanten zusammen und Alexis erkennt, dass sich hinter Nightshroud ihr Bruder Atticus verbirgt.