Jaden kommt in letzter Sekunde zu seiner Prüfung an der Duellakedemie weil er unterwegs Yugi Muto getroffen hat. Von ihm bekam er für seine große Prüfung die Karte "Geflügelte Kuriboh" geschenkt.Um Jaden durch die Prüfung fallen zu lassen, tritt der exaltierte Dekan, Dr. Crowler, persönlich gegen ihn an. Aber durch die neue Karte "Geflügelter Kuriboh" kann Jaden das Duell für sich entscheiden und wird an der Akademie aufgenommen.

Dr. Crowler beansprucht die neu eingetroffenen, seltenen Spielkarten alle für sich und gibt sie Chazz. Anschließend lässt er Jaden und Chazz in einem Feldtest-Duell gegen einander antreten, aus dem Jaden als Sieger hervorgeht. Als Belohnung darf er zu Ra Yellow aufsteigen, lehnt es allerdings ab, weil er im Slifer Red Haus bei seinem Freund bleiben will.

Jaden und Syrus teilen sich ihr Zimmer im Haus Slifer Red mit einem Typen, der wie ein Clown aussieht. Jaden wird von dem überheblichen Chazz zu einem illegalen Duell herausgefordert. Aber das Duell wird vorzeitig von der Akademie-Security abgebrochen.

Die Freunde Jaden, Syrus und Chumley entdecken die verlassene Unterkunft, die nicht betreten werden darf. Viele Studenten sollen bereits von diesem Haus verschluckt worden sein. Dr. Crowler heuert einen Schattenduellanten an, der ihm Jaden vom Hals schaffen soll. Der Schattenduellant nimmt Alexis als Geisel und zwingt Jaden so zu einem Duell, bei dem seine Seele auf dem Spiel steht.

Der Dekan Dr. Crowler denkt sich einen teuflischen Plan aus: er will Jaden mit einem gefälschten Liebesbrief auf den Mädchencampus locken, um ihn wegen Regelverstoßes aus der Akademie verbannen zu können. Syrus findet den Brief und ist davon überzeugt, dass Alexis seine Freundin sein möchte. Jaden und Alexis duellieren sich und Jaden geht als Sieger hervor.

Als Strafe für das unerlaubte Betreten der verlassenen Unterkunft müssen Jaden und Syrus als Team in einem Doppelduell gegen zwei Gegner antreten, die von Dr. Crowler ausgewählt werden. Falls die beiden das Duell verlieren sollten, fliegen sie von der Schule. Jaden und Syrus üben miteinander, aber Jaden stellt fest, dass er von einem Erlebnis mit seinem Bruder blockiert wird. Wie sich herausstellt ist Zane der große Bruder von Syrus und der Spitzenduellant der Duellakademie!

Während des Duells kann Jaden den Schattenduellanten als trickreichen Gaukler entlarven, und das Schattenreich entpuppt sich als Trugbild. Doch plötzlich werden sie wirklich von einer unbekannten Macht ins Schattenreich gezogen. Der Schattenduellant wird von einer Macht ergriffen, die ihn das Duell zu Ende kämpfen lässt. Trotz allem kann Jaden Yuki das Duell für sich entscheiden und Alexis befreien. Alexis, deren Bruder vor langer Zeit im Reich der Schatten verschwunden ist, fasst wieder neuen Mut, ihn zu finden.

Wegen seinen schlechten Leistungen will Chumleys Vater ihn von der Duellakademie zurück nach Hause holen. Als letzte Chance, bietet sein Vater ihm ein Duell an. Falls er gewinnt, darf er an der Akademie bleiben, falls er verliert, muss er nach Hause.

Jaden fordert Zane zu einem Duell, nachdem er erfahren hat, dass er für Syrus' Komplexe verantwortlich ist. Nach einem harten Kampf verliert er zwar, aber Syrus kann neues Selbstvertrauen schöpfen.

Das Entscheidungsduell rückt immer näher. Jaden und Syrus müssen sich gegen die Duel Monster Profi-Brüder Para und Dox, gegen die bereits Yugi Muto zum Duell angetreten ist, beweisen. Die Freunde Jaden und Syrus haben es schwer gegen das Bruderpaar und verlieren eine Menge Lebenspunkte.