In einem Hotel wird ein Navy-Offizier von Unbekannten erschossen. Gibbs und sein Team finden jedoch bald heraus, dass es den Falschen getroffen hat. Die eigentliche Zielperson ist Lieutenant Emma Reynolds von den Marines.

Ein Navy-Offizier wird erschossen aufgefunden. Offenbar war eine blonde Frau bei ihm, die sich als E.J. Barrett entpuppt, die wieder aufgetaucht ist und schwört, dass jemand sie umbringen will. Der Ermordete war ein Freund, der ihr helfen wollte.

Lieutenant Commander Maya Burris wird erschossen in einem Loft aufgefunden. Bei den Ermittlungen wird dem Team schnell klar, dass es sich bei dem Mörder um einen Profi handeln muss. Gibt es dabei eine Verbindung zu Mayas Einsatz in Islamabad?

Tonys Vater wird schlafend in seinem Mietwagen aufgefunden. Im Kofferraum liegt die Leiche von Lieutenant Massey. Tony senior gerät unter Mordverdacht, alle Indizien sprechen gegen ihn. Als schließlich die Mordwaffe gefunden wird, scheint der Fall gelöst.

Gibbs und Ziva fliegen nach Afghanistan, nachdem sie Hinweise erhalten haben, dass Lieutenant Gabriela Flores noch am Leben ist. Sie wurde, wie sich herausstellt, von islamischen Fanatikern entführt, weil sie am Aufbau einer Mädchenschule beteiligt war.

Barrett und ihr Team haben bisher erfolglos versucht, den Serienmörder Cobb zu stellen. Bei den Ermittlungen wurde Cade verletzt und Barrett entführt. Der Killer will sich offenbar an denen rächen, die vermeintlich für sein Elend verantwortlich sind.

Die Suche nach dem Hafenmörder geht weiter: Die Ermittler finden heraus, dass das mysteriöse Auge in Tonys Glas Trent Kort gehört, einem alten Bekannten der CIA. Kort informiert das Team darüber, dass ein Navy-Mitglied um Killer ausgebildet wurde.

Tonys ehemaliger Partner bei der Polizei in Baltimore, Danny Price, wurde offenbar vom Hafenmörder getötet. Tony und Price waren dem Killer bereits vor Jahren auf der Spur. Bei einer Überwachung lernten sie Gibbs kennen.

Gibbs, sein Team und EJ Barrett erhalten von Vance den Auftrag, den sogenannten Hafenmörder zu überführen, der schon in Spanien anfing, Navy-Angehörige umzubringen. Den Ermittlern hinterlässt er immer wieder kleine Botschaften.

Lieutenant Lauren Ross wird im Pentagon ermordet. Auf dem Überwachungsvideo sieht man, wie Petty Officer Donner ihr das Genick bricht. Doch schnell stellt sich heraus, dass Donner bereits vor dieser Tat an einem Herzinfarkt gestorben ist.