Auf Grund von Ermittlungsfehlern wird die geplante Hinrichtung des Mörders Ken Kramer verschoben. Ken Kramer wird beschuldigt, ein Pärchen mit einer Axt erschlagen zu haben. Da die DNA-Untersuchungen offenbar schlampig durchgeführt wurden, muss Horatio den Fall noch mal aufnehmen. Nun ist das Ermittlungsteam gezwungen, innerhalb kürzester Zeit stichhaltige Ergebnisse zu liefern.

Das Team untersucht den rätselhaften Tod eines, der offensichtlich mit dem Bau einer Bombe beschäftigt war, die für einen Terroranschlag zum Einsatz kommen sollte. Während der Ermittlungen stößt Horatio auf die Fingerabdrücke seines vermeintlich toten Bruders Raymond. Das Team versucht nun herauszufinden, ob Raymond noch lebt und welche Rolle er in dem Terrornetzwerk spielt. Als Raymonds Sohn entführt wird, versucht Horatio, ihn zu befreien.

Miami wird von einer neuen Mafia heimgesucht, den Mala Noche, einer Bande nicaraguanischer Flüchtlinge, die vor allem durch enorme Skrupellosigkeit von sich reden macht. Anführer dieser Bande ist Benito Galian, genannt "Diablo", der den Hafturlaub seines Konkurrenten Aberto Fuentes nutzt, um ihn erschießen zu lassen. Im Rahmen der Ermittlungen finden Horatio und sein Team heraus, dass Abertos Mutter ebenfalls ermordet wurde.

Auf der Jacht der Familie Gannon bricht ein Feuer aus. Tochter Julie versucht, sich durch einen Sprung ins Wasser zu retten, und ist anschließend unauffindbar. Auch ihr Bruder Luke bleibt nach dem Versuch, sie zu retten, verschollen. Zwar finden Horatios Leute wenig später eine männliche Leiche im Wasser, doch es handelt sich nicht um Luke, sondern um einen Angestellter der Familie Elias, die mit den Gannons bekannt ist.